Mal ein "Non-Bashing-Comment" von mir
Verschiedene Systeme erfordern verschiedene, ich sags mal so, Fernsteuerungstools.
Bei MS-Systemen sind die grafischen Oberflächen vorrangig (Remotedesktop, VNC, TeamViewer etc.)
Allerdings sind grafische Systeme (grade bei Minecraft da unnötig) resourcenverschwendung, da der Server dies natürlich auch darstellen muss.
Bei Linuxsystemen ist der sogenannte SSH-Terminal die Standardlösung. Allerdings ist das alles textbasiert, ganz weit hergeholt vergleichbar mit der MS-DOS-Box bzw. auch unter "CMD" bekannt. Linux bietet aber eine weitaus höhere Freiheit zum Konfigurieren, erfordert aber auch ein einigermaßen fundiertes Grundwissen.
Im Allgemeinen sei gesagt: Der Hauptpunkt (bevor Java installiert wird bzw. ein MC-Server aufgesetzt wird) ist bei _allen_ Systemen die Sicherheit.
Es ist schön, dass generell Fragen gestellt werden, beachte aber bitte immer, dass ein System das 24/7 ohne richtige Firewall (die man natürlich auch konfigurieren muss und kann) sehr beliebte Angriffsziele sind. Beste Übungsplattform ist eine VM-Ware zu installieren und darauf das jeweilige Wunschsystem zu installieren und damit zu üben. Zusätzlich auch "todgooglen" wie man sowas absichert und was für Gefahren zu beachten sind.
EDIT:
Der Standardspruch muss dennoch her: Wenn jemand ohne Wissen einen Server mietet und der Missbraucht wird, haftet der Inhaber des Servers für alle Schäden und erfährt auch alle strafrechtlichen Konsequenzen