Mit den zusätzlichen Logs ist ziemlich klar, dass dein Server der Arbeitsspeicher aus geht. Je nach dem was gerade den letzten Block Speicher reserviert, crasht eine andere Komponente.
Interessant ist allerdings, dass der Server immer in nativem Code crasht. Da zumindest in einem Log SQLite aufgetaucht ist und ansonsten nicht besonders viele Libraries nativen Code mitbringen, würde ich fast vermuten, dass da ein Plugin SQLite verwendet und seine Sessions nicht richtig öffnet und schließt. Also vielleicht mal der Reihe nach die Plugins mit SQLite rausnehmen und gucken ob es dann noch immer Crashs gibt.. Wie sich das genau auf den Speicherverbrauch auswirkt weiß ich nicht und das ist auch nur eine sehr Waage Vermutung, dort würde ich jedenfalls ansetzen.
Ansonsten ist sowas immer mit ein wenig Arbeit verbunden, aber vielleicht hat ja noch jemand anderes im Forum eine Idee.
Edit: Kurze Googlesuche hat gerade ergeben, dass die Fehlermeldung "unable to create new native thread" darauf hinweist, dass der Server nicht mehr Threads erzeugen darf. Eventuell läuft da sogar ein anderes Plugin Amok, ich würde aber nicht ausschließen, dass es trotzdem ein RAM Problem ist, da einige Crashs ganz klar auf zu wenig Speicher zurückzuführen sind.
Du hast übrigens noch immer nicht genau gesagt, was das für ein Server ist. Ist das ein Gameserver oder ein Server mit Rootzugriff?