Die permissions.yml im ROOT eures Servers ist für die Bukkitpermissions.
Superpermissions unterstützt diese voll. Hier kann man recht coole Sachen mit machen,
wie zB. eigene Nodes definieren, Nodes zusammenführen etc.
Welches permissions Plugin genutzt wird ist völlig egal.
Wenn du die permissions für Home, Warp etc. vergeben willst, dann schau in die jeweiligen Themen
im Bukkit Forum oder in dessen Wikis, dort sind IMMER alle aufgeführt!
Ohne, dass du sagt, welches Plugin du für den jeweiligen Command nutzt, kann dir keiner helfen,
da alle Anfänger aber Essentials nutzen, vermute ich, das du das ebenfalls nutzt.
Alternativ, dein Plugin per Winrar öffnen, darin die Plugin.yml anschauen, idR. sind dort alle Commands samt permissions gelistet.