Ich finde wir sollten erstmal über das eigentliche Problem reden: Ihr habt einen Hochleistungsserver und keine Ahnung wie man ihn bedient. Und damit seid ihr genau die Gruppe, die Schuld an Spam, DDoS und anderen Angriffen auf Netzinfrastruktur ist, da euer Server höchstwahrscheinlich aufgrund fehlender Erfahrung nicht sauber abgesichert ist. Das ist offensichtlich, da euch bereits ein simples Skript ohne irgendwelche speziellen "Bash"-Features Probleme bereitet.
Ich wüsste auch nicht wie man dir mit diesem Problem konkret helfen kann. Es ist Müll, es ist unübersichtlich. Müsste ich raten, so würde ich sagen das Skript heißt "start.sh" und bei deinen ganzen "./start.sh" Aufrufen geht irgendwas schief und du rufst in Wirklichkeit das Startskript nochmal auf. Das solltest du eigentlich auch in der Prozesshirachie sofort bemerken, wenn du damit vertraut wärst. Überhaupt solltest du das Problem eigentlich schon mit der Prozessübersicht direkt lokalisieren können. Das ist die einfachste Erklärung und die wahrscheinlichste. Das was ihr da aufgebaut habt ist eine unwartbare Hölle aus ominösen Skripten, die alle ganz unterschiedliche Dinge tun können. Das Problem könnte an jeder Ecke lauern und dabei geh ich schon davon aus, dass es keine Fehlermeldungen gibt, die ihr überseht, denn ich bin mir ziemlich sicher, dass da auch Fehlermeldungen im Spiel sind, die ihr übersehen habt.Lernt euren Monsterserver zu administrieren.