Zunächst würde ich empfehlen, dass du dich auf eines der beiden festlegst und am Besten Permission***, da dieses das gepflegtere der beiden ist. Beide zusammen werden nicht besonders gut harmonieren.
Da das Permissionsplugin eins der wichtigeren, sicherheitsrelevanten Plugins ist, ist es nicht besonders ratsam, das von jemand externem einrichten zu lassen ohne sich selber zumindest rudimentär auszukennen.
Es ist dazu zu raten, sich als Serverbetreiber mit seinen Permissions vertraut zu machen. PEX hat eine
eigene Dokumentation, falls Englisch ein Hindernis darstellt, finden sich Online und wohl auch in diesem Forum ein paar Tutorials auf Deutsch für den Einstieg.
Die Qualität und Aktualität der deutschen Tutorials ist durchwachsen, wenn es also im Rahmen der eigenen Möglichkeiten liegt, würde ich immer auf die originale Dokumentation zurückgreifen.
Für konkretere, punktuelle Probleme mit dem Einrichten, kann man dir auch über das Forum bestimmt gut weiterhelfen.