Man kann Java-Programme dekompilieren, was relativ lesbare .class-Dateien erzeugen, vorausgesetzt das Plugin wurde nicht obfuskiert. Dependencies muss man sich allerdings selber zusammensuchen, außer die pom.xml wurde in der .jar gespeichert, was durchaus gemacht wird. Und es wird wahrscheinlich nötig sein, einigen Code manuell anzupassen, da nicht sämtliche Informationen im Bytecode enthalten sind (Namen von Variablen in Methoden zum Beispiel).
Einfacher ist es, den Sourcecode des entsprechenden Plugins auf Github zu finden & diesen zu nutzen. Viele Plugin-Entwickler laden ihren Sourcecode auf Github hoch, auch wenn es leider nicht alle auf der Spigot-Seite ihres Plugins verlinken. Eine Suche dort (am besten anhand des Package-Namens) ist also oft hilfreich.
Eine weitere Lösung wäre, einfach den Pluginentwickler zu fragen, ob er dir den Sourcecode zur Verfügung stellt. Besonders viele kleine Entwickler haben ihren Sourcecode nicht absichtlich nicht veröffentlich, sondern einfach nicht daran gedacht das es jemanden interessieren könnte.