Du könntest versuchen, ersteinmal global TNT zu verbieten (/region flag __global__ tnt deny), oder aber einfach eine riesige Protection über alles legen und dort dann TNt via Flag verbieten. Die Regionen der einzelnen Spieler haben dann eine höher geschaltete Priorität als die Riesenprotection und auf diesen kleinen Protections wird TNT dann erlaubt.
Allerdings solltest du das vorher mal austesten, speziell ob, wenn du nah am Rand deiner kleinen Region etwas sprengst, es dann auch außerhalb der Region Blöcke absprengt. Vielleicht solltest du auch mal die Flag "other-explosion" testen (außen aus, innen an) und schauen, wie sich das dann verhält.
Sollte das nicht funktionieren, würde vielleicht folgendes Plugin noch helfen:
http://dev.bukkit.org/bukkit-plugins/worldguard-explosion-flags/
Hoffe, ich konnte dir helfen,
LG. Fischi