Spigot ist eine modifizierte Version von CraftBukkit. Hauptentwickler ist afaik md_5, welcher auch BungeeCord entwickelt. Der Unterschied zu CraftBukkit ist vor allem stark optimierter Sourcecode. Der Netzwerkcode wurde z.B. komplett neu geschrieben und verwendet in Spigot Netty. Außerdem wurden einige weitere Änderungen am Verhalten von Entityupdates gemacht. Auch die Chunkupdates pro Tick wurden optimiert und einige kleinere Bugs, die unter Umständen zu größeren Lags führen wurden behoben oder optimiert.
Allgemein lässt sich sagen, dass Spigot ein stabileres Bukkit mit deutlichen Performancevorteilen ist. Allerdings sollte man sich auch die Dokumentation durchlesen, da es einige Dinge gibt, die sich ein wenig anderst verhalten und es ist auch nicht auszuschließen, dass du unter Spigot Probleme mit Plugins bekommst, die unter CraftBukkit ganz normal laufen. Habe ich allerdings bisher nicht geschaft und es liegt auch meist an schlecht entwickelten Plugins, als an Spigot.